Mikropočítačový riadiaci systém MIREL RS350 bol vyvinutý v roku 1996 a následne bol nasadený na celú sériu rušňov radu 350. Počas prevádzky boli do systému zapracovávané prevádzkové skúsenosti a zmeny súvisiace s rekonštrukciami realizovanými na rušňoch radu 350.
Riadiaci systém MIREL RS350 nahradil funkčne i morálne zastarané reléové riadenie na rušni radu 350 a riadi:

- trakčný výkon
- prepojovače jazda – brzda
- prepojovače smerov
- elektrodynamickú brzdu
- trakčné ventilátory
- zberače

Riadiaci systém rozširuje vlastnosti riadenia o funkcie napomáhajúce zvýšeniu bezpečnosti a zníženiu opotrebenia funkčných celkov rušňa. Medzi hlavné funkčné rozšírenia patrí:

- optimalizácia radenia jazdných stupňov
- optimalizácia riadenia chodu ventilátorov
- zabránenie jazdy s oboma zberačmi rýchlosťou nad 50 km/h.

Na zabezpečenie funkcií riadenia systém sníma 104 binárnych vstupov, 4 analógové vstupy, 1 vstup IRC zo snímača rýchlosti a riadi 80 binárnych výstupov.

K riadiacemu systému MIREL RS350 možno pripojiť diagnostický terminál, ktorý slúži na zjednodušenie a urýchlenie servisu riadiaceho systému i komponentov rušňa. Formou výberu z ponúk možno na jeho displeji zobraziť stavy jednotlivých vstupov, výstupov a vnútorných stavov systému. V režime ručného riadenia možno meniť hodnoty výstupov, a tak overiť funkčnosť nielen riadiaceho systému, ale i pripojených komponentov rušňa. Okrem vykonania hĺbkovej profylaktickej kontroly je zariadenie bezúdržbové.